극장판 블랙잭: 두 사람의 검은 의사

어느 날 빌딩 폭발 사건이 발생한다. 경찰은 과격단체의 소행으로 규정짓고 사고를 조사 중이지만, 실제로 이 모든 사고는 다이다루스 그룹의 회장의 소행이다. 회장은 사탄이라는 세균을 유포시켜 전 세계를 공포에 떨게 만들고 아울러 동시에 백신 사업을 통해 어마어마한 부를 축적하고자 하는 계획하에 이 모든 것을 주도하였다. 하지만 백신을 개발한 동료는 백신과 함께 이 사업의 위험성을 감지하고 죽어 버렸으며 백신을 개발하기 위해 외딴섬에 사람을 들여놓고 임상 실험을 하게 된다. 하지만 회장을 자기의 후원 교수로 알고 백신을 개발하던 로크의 여자친구가 감염이 되어 블랙잭을 납치한 후 여자 친구를 구하고자 하던 중 블랙잭도 이 사건에 휘말리게 되고, 또한 죽음의 의사인 블랙잭 키리코 역시 이 섬에 초대된다. 한편 후원 교수가 다이다루스 그룹의 회장임을 알게 된 로크는 회장 일당과 목숨을 건 사투를 벌이는데...